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La primera noticia que se tiene de la Iglesia actual es del año 1574, cuando se constituye la Iglesia Parroquial de Callosa que en el año 1578 fue inaugurada por Francisco de Mesa. En la segunda mitad del siglo XVIII se plantea su ampliación y en 1765 empieza la construcción del crucero acabándose en el año 1786. En el año 1819 las obras son en la fachada que se realiza en mármol de las canteras locales y que no se finaliza hasta el año 1865. El cuerpo superior de la fachada no se hará hasta el año 1917, pero no en mármol negro sino en cemento pintado imitando al mármol.
El órgano de la Iglesia de San Juan Bautista es un órgano barroco construido, supuestamente, en el año 1754 por Bartolomé Sanchez para un convento de Cocentaina, y que fue comprado y trasladado a Callosa en el año 1845.
Exteriormente el instrumento nos presenta una fachada estilo neoclásico de madera natural de acuerdo con el resto la iglesia. Dado el buen estado del órgano se sigue utilizando con mucha frecuencia en conciertos y misas.
